동아시아역사연구소는 역사학을 비롯한 여러 분야에 걸친 이론과 실천에 관한 연구를 통하여 21세기가 요구하는 새로운 인문학의 창출과 발전에 기여하며, 이를 기반으로 국제적 이해와 교류를 촉진한다.
장기적 비전을 가지고 한국적 정체성에 입각한 동아시아역사문제를 전문적으로 연구함과 동시에 인문학 위기에 실천적으로 대응할 수 있는 전문가 양성기능을 겸비한 전문 연구기관을 목표로 한다.